Archives du 17 au 30 novembre 2015



... dans la rubrique Actualités, Colloques, Journées techniques


Journée scientifique sur le volet Recherche de l’initiative dite du « 4P1000 »
L’IRD, l’INRA, le CIRAD et le CGIAR co-organisent cette journée le lundi 30 novembre 2015 à Paris (Centre IRD de Bondy). Vous trouverez ci joint les objectifs et délivrables de cette journée : 4P1000_Invitation__la_Journe_Scientifique_30_Nov.pdf (1.2MB)
Le programme définitif est en cours de finalisation mais la journée sera ponctuée de deux séquences différentes :
• une présentation des autres initiatives qui partagent des enjeux et défis avec ceux du programme de recherche 4P1000
• des débats autour des 4 Piliers (voir le document .pdf)
Pour participer à ces journées une inscription est nécessaires auprès de Michelle Tigny pour des aspects pratiques.

Jean Luc CHOTTE pour les organisateurs


... dans la rubrique Actualités, Formations


Dans le catalogue de formations d'Arvalis - Institut du végétal :
Effet des teneurs en matière organique et des conduites de culture sur la qualité des sols

Tassements, érosion, développement du parasitisme : peut-on encore produire plus et mieux ? La formation débute par un rappel sur les relations entre le sol et la plante. Elle passe ensuite en revue les effets des matières organiques sur les caractéristiques agronomiques des sols. Les enjeux liés à la gestion des résidus de culture et aux apports organiques sont resitués dans la diversité des contextes de production. Une relecture des effets à long terme des rotations – incluant les intercultures - ouvre la réflexion sur un autre levier pour préserver le potentiel de production des sols.

Informations et inscriptions


... dans la rubrique Offres, Offres de stages


Offre de post-doctorat 18 mois en écologie fonctionnelle et agronomie
UMR EVA 950 INRA-Université de Caen « Écophysiologie Végétale, Agronomie & nutritions NCS »
Projet P2C - La plante : pilote de la capture et du transfert de Carbone vers le sol des prairies de plaine
Description du poste : Offre_Post_Doc_18_mois_projet_P2C.pdf (0.1MB)


... dans la rubrique Parutions, Thèses


Influence des propriétés des substrats organiques sur la composante microbienne dans la rhizosphère du concombre (Cucumis sativus) et conséquences sur le biocontrôle de Fusarium oxysporum f.sp. radicis-cucumerinum
Thèse de Virginie Montagne, soutenue le 25 Novembre 2015 à 13H30 - à Agrocampus Ouest Centre d'Angers, devant le jury composé de :
Christian STEINBERG, Directeur de recherche, INRA Dijon, rapporteur
Emile BENIZRI, Professeur, Université Lorraine, rapporteur
Christian WALTER, Professeur, Agrocampus Ouest Rennes, examinateur
Sylvain CHARPENTIER, Professeur, Agrocampus Ouest Angers, directeur de thèse
Thierry LEBEAU, Professeur, LPG Nantes, co-directeur de thèse
Patrice CANNAVO, Professeur, Agrocampus Ouest Angers, membre invité
Hervé CAPIAUX, Maître de conférences, IUT La Roche sur Yon, membre invité
Claire GROSBELLET, Ingénieur R&D, Entreprise FLORENTAISE, membre invité

Résumé de l’auteur :
Cette thèse avait pour objectif d’étudier le rôle de substrats organiques (fibre de bois, fibre de coco et tourbe) utilisés comme support de culture en système hors-sol, dans la protection microbiologique d’une culture de concombre (Cucumis sativus) contre un pathogène tellurique (Fusarium oxysporum f.sp. radicis-cucumerinum). Un premier travail a consisté à caractériser la composition biochimique de ces substrats et le développement microbien spontané en conditions contrôlées. Deux bio-essais ont ensuite été mis en place en serre, en condition de production.
Les trois types de substrats ont une composition biochimique et un potentiel de développement microbien différents. L’existence supposée de deux compartiments, facilement et plus lentement biodégradable, dont les concentrations dépendent du type de substrat, semble expliquer les dynamiques microbiennes particulières. La structure des communautés microbiennes leur est très spécifique et est répétable d’une année à l’autre avec des lots de fabrication différents. Les champignons cellulolytiques dominent dans les substrats. Les fibres de bois hébergent surtout des Pseudomonas spp. Les effets de protection, observés lors des bio-essais, dépendent non seulement de la nature du substrat, mais aussi des conditions climatiques qui influencent l’état de santé des plantes. Les fibres de bois et de coco sont de bons substituts à la tourbe et présentent un potentiel pour la protection des cultures. La tyndallisation préalable des substrats a montré que ce sont les populations indigènes se développant en cours de culture qui étaient probablement les plus impliquées dans la protection. Une bio-augmentation des substrats avec une souche de F. oxysporum non pathogène ou de Trichoderma atroviridae n’a pas conduit à une augmentation significative de la suppressivité.
montagne.v@live.fr

Persistance à long terme des matières organiques dans les sols : caractérisation chimique et contrôle minéralogique
Thèse de doctorat en sciences du sol et de l'environnement de Suzanne Lutfalla, réalisée sous la direction de Dr. Pierre Barré et Pr. Claire Chenu à Agro Paris Tech et à l'ENS au sein de diverses structures : Bioemco, IEES, EGC, Ecosys, Laboratoire de Géologie de l'ENS, soutenue le jeudi 19 novembre à 14 heures à Agro Paris Tech, 16 rue Claude Bernard, 75005, Paris, devant le jury composé de :
M. Markus KLEBER, Associate professor OSU, ZALF, rapporteur
M. Daniel RASSE, Chercheur Bioforsk, rapporteur
Mme Delphine DERRIEN, Chercheuse INRA, examinatrice
M. Philippe BAVEYE, professeur Agro Paris Tech, examinateur
Mme Claire CHENU, professeure Agro Paris Tech, directrice de thèse
M. Pierre BARRE, Chercheur CNRS, directeur de thèse

Résumé de l’auteur :
Les sols stockent trois fois plus de carbone que l'atmosphère sous la forme d'un mélange de molécules, la matière organique des sols (MOS). Certaines de ces molécules sont présentes dans le sol depuis des centaines voire des milliers d'années. Trois mécanismes de protection sont utilisés pour expliquer cette persistance à long terme des matières organiques dans les sols : (i) la récalcitrance chimique, (ii) la protection physique dans les agrégats et (iii) la protection physicochimique par adsorption sur les surfaces minérales. Le but de ce projet de thèse est d’améliorer la compréhension de ces processus de protection et de leur importance relative. Mon projet de thèse utilise des échantillons permettant l'accès au carbone persistant : les jachères nues de longue durée (5 sites en Europe). Il s'agit de parcelles maintenues vierges de toute végétation dans lesquelles, au fur et à mesure de la biodégradation, la quantité totale de carbone diminue, entraînant un enrichissement relatif en carbone persistant.
La première étude expérimentale de ce travail de thèse vise à tester l'efficacité des méthodes d'oxydation chimique. Les deux réactifs les plus couramment utilisés - l'hypochlorite de sodium Na O Cl et le peroxyde d'hydrogène H2O2 - ont été testés sur des échantillons de la plus longue jachère nue (Versailles). Il est conclu que les méthodes d'oxydation chimique n'arrivent pas à isoler efficacement un réservoir de carbone persistant à l'échelle du siècle. En termes de mécanismes de persistance, les résultats obtenus montrent que la récalcitrance chimique n'est pas le principal mécanisme de protection. En effet, sur la durée de la jachère nue, la composition chimique de la MOS, caractérisée par spectroscopie NEXAFS, ne présente que peu de changements. Un enrichissement en composés présentant des groupements acides carboxyliques est détecté pour tous les sites testés. Une étude poussée de la persistance spécifique du carbone pyrogénique des sols a aussi été réalisée, ces composés sont actuellement considérés cinq fois plus persistants que le carbone total. Les résultats montrent que le carbone pyrogénique est moins persistant que prévu. En effet, le temps de résidence moyen du carbone pyrogénique obtenu par la méthode BPCA (116 ans) est seulement 1,6 fois supérieur à celui de la MOS (73 ans). L'étude du contrôle minéralogique de la persistance des MOS montre que les argiles contenant du potassium (illite) protègent moins de carbone que les argiles smectitiques. Le rapport C/N décroit avec le temps dans toutes les fractions argiles, ce qui prouve que les composés riches en azote sont préférentiellement préservés. Enfin, la présence de microagrégats dans la fraction grossière des argiles implique la coexistence de deux mécanismes de protection : la protection physique et la protection par adsorption sur les minéraux.

Cette thèse contient des résultats significatifs et ouvre de nombreuses perspectives. En particulier, les résultats sur la persistance relativement courte du carbone pyrogénique sont pionniers. En termes de perspectives, des efforts de recherche devront être menés pour confirmer les premiers résultats sur l'influence de la minéralogie des phyllosilicates sur la protection du carbone des sols.

Mots clés : matière organique du sol ; mécanismes de protection ; argiles ; carbone pyrogénique ; NEXAFS ; cycle du carbone.